суббота, 01 октября 2022
Провёл две последние очные пары курса "Введение в геномику" в ИТМО. Очень интересный новый недостроенный биоблок. Ребята молодцы, поиграли с ними немного, придумали проекты - от вакцин против пневмококков и антибиотиков из пермафроста до генетических основ шизофрении. Психанул и вёл на русском, сразу все оживились.
Надо будет наконец разобраться в том, про что я говорю как про черные ящики - индексы, анова-перманова, статистика в gwas. И bw-transform.
Потом капоэйра у девицы, общая рода. Долго шли домой, и дома я закончился. Смотрели Большую рыбу и Бегонию, очень странно, китайский Миядзаки. Сразу захотелось вернуться в Геншин.
Теперь лежу наконец. Давно так не уставал на ровном месте.
Общий фон давит, не отключиться. Да и нельзя отключаться. Делать хоть что-то для сдвига мира в желаемую сторону.
Придёт разрешение в погранзону - будет проще.
Надо будет наконец разобраться в том, про что я говорю как про черные ящики - индексы, анова-перманова, статистика в gwas. И bw-transform.
Потом капоэйра у девицы, общая рода. Долго шли домой, и дома я закончился. Смотрели Большую рыбу и Бегонию, очень странно, китайский Миядзаки. Сразу захотелось вернуться в Геншин.
Теперь лежу наконец. Давно так не уставал на ровном месте.
Общий фон давит, не отключиться. Да и нельзя отключаться. Делать хоть что-то для сдвига мира в желаемую сторону.
Придёт разрешение в погранзону - будет проще.
вторник, 27 сентября 2022
Очень плохо сегодня, очень сложно. Кажется, наша лаба таки совсем закрывается. Не то чтобы это было новостью, но в целом сегодня первый раз мы проговорили это. Я остаюсь практически один в ней, причем всё есть - и техника, и финансирование. Нет людей. Некому работать, некому писать статьи. Все уехали. Остался один Миша.
Мне предлагают вытянуть это в одиночку. И это, и магистратуру в Сириусе, и магистратуру в СПбГУ. Это ещё не считая курсов в ИТМО.
У нас много студентов и мало преподов. Всё, всех выкосило. Пиздец. Можно параллельно что-то делать, объединять программы, как в Штатах. Но блядь зачем это всё? У меня жизнь скоро закончится, мне вообще надо ли всё вот это?
Тяжело. Надо с этим поспать немного. А то опять получается безотказный Миша, на которого сваливается примерно всё.
Но ведь остальные спокойно уехали и не рефлексировали. Тот же ДжетБрейнс оставил тут не просто какие-то лабы, целые здания. И раньше тоже - лаба Стива, центр Добржанского. Было хорошо, но при Канапиных было уже ясно, что он обречён.
Я не знаю, как быть и что делать.
Мне предлагают вытянуть это в одиночку. И это, и магистратуру в Сириусе, и магистратуру в СПбГУ. Это ещё не считая курсов в ИТМО.
У нас много студентов и мало преподов. Всё, всех выкосило. Пиздец. Можно параллельно что-то делать, объединять программы, как в Штатах. Но блядь зачем это всё? У меня жизнь скоро закончится, мне вообще надо ли всё вот это?
Тяжело. Надо с этим поспать немного. А то опять получается безотказный Миша, на которого сваливается примерно всё.
Но ведь остальные спокойно уехали и не рефлексировали. Тот же ДжетБрейнс оставил тут не просто какие-то лабы, целые здания. И раньше тоже - лаба Стива, центр Добржанского. Было хорошо, но при Канапиных было уже ясно, что он обречён.
Я не знаю, как быть и что делать.
среда, 23 марта 2022
Двадцать седьмой день роскомнадзора. Сегодня закончились занятия, выставили всем зачёты, выдали сертификаты. Студенты вроде как довольны, интересно бы получить фидбек. Тот, который был в их сабмишенах, прям порадовал - кажется, я неплохо угадал с нагрузкой и сложностью.
Шутка дня. Организаторы просят ребят заполнить анкеты. Студенты спрашивают, можно ли анонимно.
- Что вы там такого собираетесь писать, что не хотите указывать свои ФИО?
- Правду!
Дальше очень нервничал. Невозможно взять и отключить впн. Вчера вечером ИБшные студенты начали обсуждение того, надо ли уезжать, и как это сделать. Сегодня продолжили, есть очень разные мнения, прекрасная Саша всем напомнила о минусах эмиграции, в том числе и на своем опыте.
Сложно оставаться в равновесии. Вчера внезапно столкнулся с моральной дилеммой о пораженчестве - Серега написал отличные стихи про русский военный корабль, и я понял, что с одной стороны действительно желаю, чтобы Нагльфар утонул, а с другой - там же живые люди, причем граждане моей страны, какие бы они ни были. Сложно, ненавижу моральные выборы. Хотя нет, всё просто - вспоминая историю и некоторое количество опыта с игр, виноват тот, кто ставит тебя перед выбором. Так нельзя делать.
Остальное уже рутина. Среднёнок стоит на ушах, я бешусь, но стараюсь дышать глубоко и не делать резких движений.
Шутка дня. Организаторы просят ребят заполнить анкеты. Студенты спрашивают, можно ли анонимно.
- Что вы там такого собираетесь писать, что не хотите указывать свои ФИО?
- Правду!
Дальше очень нервничал. Невозможно взять и отключить впн. Вчера вечером ИБшные студенты начали обсуждение того, надо ли уезжать, и как это сделать. Сегодня продолжили, есть очень разные мнения, прекрасная Саша всем напомнила о минусах эмиграции, в том числе и на своем опыте.
Сложно оставаться в равновесии. Вчера внезапно столкнулся с моральной дилеммой о пораженчестве - Серега написал отличные стихи про русский военный корабль, и я понял, что с одной стороны действительно желаю, чтобы Нагльфар утонул, а с другой - там же живые люди, причем граждане моей страны, какие бы они ни были. Сложно, ненавижу моральные выборы. Хотя нет, всё просто - вспоминая историю и некоторое количество опыта с игр, виноват тот, кто ставит тебя перед выбором. Так нельзя делать.
Остальное уже рутина. Среднёнок стоит на ушах, я бешусь, но стараюсь дышать глубоко и не делать резких движений.
воскресенье, 20 марта 2022
Сегодня выходной, взяли девицу и поехали в Сочи Парк. Отличное место, если нет суровой неприязни к паркам развлечений и прочему пластмассовому миру. Как всегда, всё самое лучшее в этом мире - бесплатно, девица дольше всего тусовалась на водной площадке с переправой через микроозеро, экскаваторами и архимедовым винтом.
В какой-то момент метнулся в Адлер-Арену к студентам, по дороге совершил правонарушение - ощущения странные, страшно до дрожи, надо будет повторить несколько раз, чтобы привыкнуть и не бояться.
Вечером ужинал с Кириллом и Олесей. Прекрасные люди, очень замечательные. Особенно хороша идея НИС и плавучего университета, который в какой-то момент затеряется где-нибудь в Полинезии. В целом есть надежда, что осенью мы таки сделаем нормальную магистратуру и что-нибудь у нас получится среди всей этой дискордии. Будем жить.
В какой-то момент метнулся в Адлер-Арену к студентам, по дороге совершил правонарушение - ощущения странные, страшно до дрожи, надо будет повторить несколько раз, чтобы привыкнуть и не бояться.
Вечером ужинал с Кириллом и Олесей. Прекрасные люди, очень замечательные. Особенно хороша идея НИС и плавучего университета, который в какой-то момент затеряется где-нибудь в Полинезии. В целом есть надежда, что осенью мы таки сделаем нормальную магистратуру и что-нибудь у нас получится среди всей этой дискордии. Будем жить.
суббота, 19 марта 2022
Вести дневник не получается, сбиваюсь постоянно на повседневное. Тем временем, уже пятый день в Сочи. Точнее, в Адлере. Точнее, в Сириусе. Поначалу просто пытались придти в себя и понять, где мы оказались и что вокруг происходит. На второй день съездили в Адлер в океанариум, вернулись на электричке. Вся олимпийская деревня похожа на залитое цементом и асфальтом болото, на котором хаотично разбросаны огромные спортивные сооружения и гостиницы, и всё это равномерно присыпано заборами. Про пешеходов думают мало, урбанины очень не хватает, всё дорого. Вечером ходили гулять с Лешей К., долго говорили о разном, обошли всю Имеретинскую долину, от Южных Культур до границы с Абхазией. По дороге видели один грузовик с новой свастикой. Бесит до белых глаз.
Потом два дня учили студентов, было хорошо. Новая футболочка всем зашла. В целом это довольно благодарное занятие - рассказываешь про фундаментальные вещи, транслируешь вечные ценности, строишь вокруг какой-то оазис здравого смысла и человеческого интереса.
Потом два дня учили студентов, было хорошо. Новая футболочка всем зашла. В целом это довольно благодарное занятие - рассказываешь про фундаментальные вещи, транслируешь вечные ценности, строишь вокруг какой-то оазис здравого смысла и человеческого интереса.
воскресенье, 13 марта 2022
Выспался. Сегодня было солнечно, совсем по-весеннему.
Отправил отчёт по DJR - я молодец.
Успел на концерт к Лизе. Ребята явно нервничают, но все равно молодцы. Понял, что мне тоже хочется. И было очень здорово, что на последней общей песне можно было присоединиться - я очень люблю "Круглую песню", сразу вспоминаю лето и Волгоград, и тут это было очень неожиданно и приятно.
Вечером успел провести свою часть пары. Осталось сделать рандом и выложить задание.
Ближе к ночи посмотрели Аркейн, и поехал помогать Юльке М. перевозить оставшиеся вещи и димкин самокат. Теперь уже Рио-Негро точно всё. А я, кажется, начинаю свыкаться с утратой.
Отправил отчёт по DJR - я молодец.
Успел на концерт к Лизе. Ребята явно нервничают, но все равно молодцы. Понял, что мне тоже хочется. И было очень здорово, что на последней общей песне можно было присоединиться - я очень люблю "Круглую песню", сразу вспоминаю лето и Волгоград, и тут это было очень неожиданно и приятно.
Вечером успел провести свою часть пары. Осталось сделать рандом и выложить задание.
Ближе к ночи посмотрели Аркейн, и поехал помогать Юльке М. перевозить оставшиеся вещи и димкин самокат. Теперь уже Рио-Негро точно всё. А я, кажется, начинаю свыкаться с утратой.
суббота, 12 марта 2022
Провел сегодня утром пару в каком-то коматозном состоянии. Даже перед ребятами неудобно. Это тревожит - знак того, что энтропия наступает и всё рассыпается. Стараюсь что-то делать, думаю про недавний пост Таннку, про то что любовь - это действие.
Созвонились по DJR, я нашел потеряный кластер. Посмотрел, как Димка устроился в Ереване. Они молодцы.
В итоге уже к ночи доделал красивые картинки и отчёт. Можно отправлять.
Родители очень хорошие, всё понимают. Мама ещё кашляет немного, но уже, говорит, гораздо лучше. Блинчики всё такие же вкусные. По-прежнему чувствую себя дома, в тепле и уюте. Как в детстве. Очень их люблю.
Созвонились по DJR, я нашел потеряный кластер. Посмотрел, как Димка устроился в Ереване. Они молодцы.
В итоге уже к ночи доделал красивые картинки и отчёт. Можно отправлять.
Родители очень хорошие, всё понимают. Мама ещё кашляет немного, но уже, говорит, гораздо лучше. Блинчики всё такие же вкусные. По-прежнему чувствую себя дома, в тепле и уюте. Как в детстве. Очень их люблю.
пятница, 11 марта 2022
Четверг. Две недели назад я проснулся в зале на диване в семь утра, на полчаса раньше будильника. Привычно взял телефон, открыл "Медузу" и увидел, что началась война.
Написал нашей завлабу, что про билеты в Сочи на школу можно уже не волноваться, аэропорты закрыты. Дальше посыпались посты в фейсбуке и вк от друзей. Все были раздавлены, всем хотелось, чтобы это было какой-то ошибкой, чтобы все немедленно вернулись обратно. Но увы.
Когда стало ясно, что всё серьёзно, написал студентам - мол, дышим глубоко, обнимаем близких, переносим ближайший дедлайн. И после этого осталось только свидетельствовать происходящим событиям.
Только сейчас наконец появились какие-то душевные силы, и хочется делать какие-то записи, чтобы потом вспомнить, как мы переживали эти дни, чем жили и что делали. Поэтому попробую вести некоторую внутреннюю хронику.
Сегодня утром среднёнок не поднялся в садик, так что я с радостью доспал до десяти, спутанным сознанием глядя странный сон, в котором была больница, Катя Швеммер и обнимашки для тех, кому за сорок.
Потом даже удалось немного поработать - оформить командировку в "Сириус", найти т-днк в геноме льнянки, ответить студентам на вопросы по практикуму.
Вечером созвон по плазмидному семестровому проекту. Потом хотел заехать в ИБ, обнять Олю Б. и поговорить о происходящем. Но провозился долго со сборами, так что сразу поехал помогать с переездом Юльке и Малине. Забрал часть вещей А., остальные мы отвезли к Малине в ее сталинку. Так закончилось Рио-Негро.
Когда довез Малину обратно и мы с ней попрощались, долго сидел в машине на Торжковской и смотрел на окна. И тут на меня накатило ощущение утраты - с огромной, очень большой буквы У. И наконец-то получилось заплакать.
Я рыдал всю дорогу домой. Только когда добрался, наконец немножко пришел в себя. Взял скрипку, коробку с документами и пошёл домой, как будто забирая самое ценное с пепелища.
Написал нашей завлабу, что про билеты в Сочи на школу можно уже не волноваться, аэропорты закрыты. Дальше посыпались посты в фейсбуке и вк от друзей. Все были раздавлены, всем хотелось, чтобы это было какой-то ошибкой, чтобы все немедленно вернулись обратно. Но увы.
Когда стало ясно, что всё серьёзно, написал студентам - мол, дышим глубоко, обнимаем близких, переносим ближайший дедлайн. И после этого осталось только свидетельствовать происходящим событиям.
Только сейчас наконец появились какие-то душевные силы, и хочется делать какие-то записи, чтобы потом вспомнить, как мы переживали эти дни, чем жили и что делали. Поэтому попробую вести некоторую внутреннюю хронику.
Сегодня утром среднёнок не поднялся в садик, так что я с радостью доспал до десяти, спутанным сознанием глядя странный сон, в котором была больница, Катя Швеммер и обнимашки для тех, кому за сорок.
Потом даже удалось немного поработать - оформить командировку в "Сириус", найти т-днк в геноме льнянки, ответить студентам на вопросы по практикуму.
Вечером созвон по плазмидному семестровому проекту. Потом хотел заехать в ИБ, обнять Олю Б. и поговорить о происходящем. Но провозился долго со сборами, так что сразу поехал помогать с переездом Юльке и Малине. Забрал часть вещей А., остальные мы отвезли к Малине в ее сталинку. Так закончилось Рио-Негро.
Когда довез Малину обратно и мы с ней попрощались, долго сидел в машине на Торжковской и смотрел на окна. И тут на меня накатило ощущение утраты - с огромной, очень большой буквы У. И наконец-то получилось заплакать.
Я рыдал всю дорогу домой. Только когда добрался, наконец немножко пришел в себя. Взял скрипку, коробку с документами и пошёл домой, как будто забирая самое ценное с пепелища.
пятница, 03 июля 2015
Сегодня тоже какой-то пустой день. Забрал паспорта Аньки и мелкой, им дали финские мультивизы на два года. Почти закончил аннотацию транскриптов для мать-и-мачехи, загрузил их в sqlite-базу. Договорился о печати тезисов на миниконференции - "Свое издательство" очень крутое.
Потупили с Элей на тему проектов на летней школе. Есть тема дать ребятам собрать дрожжи и поискать там последовательности "винного кластера" или еще каких-нибудь интересных генов.
Внезапно словил приступ паники на тему того, что уже июль, в конце августа заканчивается срок моего постдока, а статьи еще не вышли, и даже не поданы. Надо собраться с мыслями, сконцентрироваться и наконец дописать всю эту кучу материала, которая у меня лежит в почти готовом виде. Шансов мало, но пробовать надо. Не успею - буду питаться человечиной из мусорников.
Потупили с Элей на тему проектов на летней школе. Есть тема дать ребятам собрать дрожжи и поискать там последовательности "винного кластера" или еще каких-нибудь интересных генов.
Внезапно словил приступ паники на тему того, что уже июль, в конце августа заканчивается срок моего постдока, а статьи еще не вышли, и даже не поданы. Надо собраться с мыслями, сконцентрироваться и наконец дописать всю эту кучу материала, которая у меня лежит в почти готовом виде. Шансов мало, но пробовать надо. Не успею - буду питаться человечиной из мусорников.
Сегодня было довольно забавно, но по работе в итоге почти ничего не сделал.
Большую часть дня собеседовали кандидатов на следующий год. Совсем блестящих не было, но некоторые довольно интересные. Вообще в JetBrains очень круто, каждый раз думаю, как хорошо быть хорошим программистом - можно найти место, где будут все условия для хорошей работы, и ты сможешь стать еще лучшим программистом. Богатые становятся богаче, а бедные беднее, всё как всегда.
Большую часть дня собеседовали кандидатов на следующий год. Совсем блестящих не было, но некоторые довольно интересные. Вообще в JetBrains очень круто, каждый раз думаю, как хорошо быть хорошим программистом - можно найти место, где будут все условия для хорошей работы, и ты сможешь стать еще лучшим программистом. Богатые становятся богаче, а бедные беднее, всё как всегда.
четверг, 02 июля 2015
Давно ничего не писал - несколько дней провалились куда-то в темноту, на фоне надвигающейся депрессии и внутрисемейных сложностей. Но в итоге сегодня вроде тучи разошлись (тьфу-тьфу-тьфу), и можно спокойно посидеть в уголочке со своей работой.
Получил ответ из Сингапура, тезисы приняли, теперь осталось оплатить участие в конференции. Написал Стиву, если он даст денег, будет круто. Еще сегодня собирались группой по колоректальному раку, для которого я им в прошлом году дифэкспрессию считал. Там идея в сравнении экспрессии генов в двух клеточных линиях колоректального рака, одна из которых экспрессирует онкомаркер CEA, а другая нет. Планируют сделать драфт статьи в ближайшее время, надо для этого провести дополнительный анализ альтернативного сплайсинга - понять, насколько различается уровень не только генов, но и разных их изоформ. Выглядит несложно, надо в пятницу сесть и сделать.
Еще, кажется, наконец нашел для девок хорошую крутую дачу. В воскресенье поедем смотреть.
Получил ответ из Сингапура, тезисы приняли, теперь осталось оплатить участие в конференции. Написал Стиву, если он даст денег, будет круто. Еще сегодня собирались группой по колоректальному раку, для которого я им в прошлом году дифэкспрессию считал. Там идея в сравнении экспрессии генов в двух клеточных линиях колоректального рака, одна из которых экспрессирует онкомаркер CEA, а другая нет. Планируют сделать драфт статьи в ближайшее время, надо для этого провести дополнительный анализ альтернативного сплайсинга - понять, насколько различается уровень не только генов, но и разных их изоформ. Выглядит несложно, надо в пятницу сесть и сделать.
Еще, кажется, наконец нашел для девок хорошую крутую дачу. В воскресенье поедем смотреть.
суббота, 27 июня 2015
Какой-то пустой день, практически ничего не сделал. Поспорил с Пашей, что подам "Мой первый грант" до вторника. Авантюра, но шансы есть.
В остальном всё как через мутное стекло, весь день способен только на самые простые, технические вещи - собрать статы по геному для статьи про Prochlorothrix, еще что-то подобное.
Надо выспаться.
В остальном всё как через мутное стекло, весь день способен только на самые простые, технические вещи - собрать статы по геному для статьи про Prochlorothrix, еще что-то подобное.
Надо выспаться.
пятница, 26 июня 2015
Сегодня весь день гуляли с мелкой в Сестрорецке. Там офигенно.
Вечером снова узнал про себя много нового. Буду думать, как теперь с этим жить.
Вечером снова узнал про себя много нового. Буду думать, как теперь с этим жить.
четверг, 25 июня 2015
Странные ощущения, как будто после очередной встряски немного выбрался из болота, но куда двигаться дальше, совершенно непонятно. Кажется, нашел большого и жирного таракана в голове, с самого детства, который испортил жизнь и мне, и еще целому ряду людей. Мировоззренческий кризис детектед.
По работе для Prochlorothrix в итоге досчитался COG на том сайте, осталось еще пару статистик по геному и можно публиковать. Для Gluconacetobacter выровнял геном на ближайший собранный, получил псевдохромосому, но целая куча контигов осталась незамапленной. Некоторые из них пробластил - типично бактериальные, скорее всего, какие-то плазмиды. Не очень понятно, что с этим делать - видимо, депонировать "псевдохромосому" и приложенную к ней кучу оставшихся контигов. Или просто выложить все контиги кучей, а "псевдохромосому" использовать для рисования карт.
У нас в гостях Марк Дикенс из UCSC, у него клёвый фотик. Спрашивал, что я делаю, рассказал ему про панголинов - они с Ксюшей попробуют их выровнять, взяв корову внешней группой, тогда можно будет реконструировать последовательность общего предка и понять, какой из двух видов более продвинут.
Вечером пытался освоить bedtools для проекта Инны по сибасу - ей интересно посмотреть на микроРНК, которые вроде как отвечают за контроль пола, на какие именно гены они садятся. Исходный GFF битый, пришлось искать другой, запустил пересечение на ночь. Надеюсь, завтра мы всё узнаем.
По работе для Prochlorothrix в итоге досчитался COG на том сайте, осталось еще пару статистик по геному и можно публиковать. Для Gluconacetobacter выровнял геном на ближайший собранный, получил псевдохромосому, но целая куча контигов осталась незамапленной. Некоторые из них пробластил - типично бактериальные, скорее всего, какие-то плазмиды. Не очень понятно, что с этим делать - видимо, депонировать "псевдохромосому" и приложенную к ней кучу оставшихся контигов. Или просто выложить все контиги кучей, а "псевдохромосому" использовать для рисования карт.
У нас в гостях Марк Дикенс из UCSC, у него клёвый фотик. Спрашивал, что я делаю, рассказал ему про панголинов - они с Ксюшей попробуют их выровнять, взяв корову внешней группой, тогда можно будет реконструировать последовательность общего предка и понять, какой из двух видов более продвинут.
Вечером пытался освоить bedtools для проекта Инны по сибасу - ей интересно посмотреть на микроРНК, которые вроде как отвечают за контроль пола, на какие именно гены они садятся. Исходный GFF битый, пришлось искать другой, запустил пересечение на ночь. Надеюсь, завтра мы всё узнаем.
среда, 24 июня 2015
Поставил считаться обогащение по различным кластерам ортологов для статьи по цианобактерии. Предлагают все делать ручками через хитрый бласт - очень лень, так что пока закинул все белки в онлайновый тул (weizhong-lab.ucsd.edu/), подождем, что он насчитает. Собрал заново глюконацетобактер, искал ближайший полный геном для референса, потерялся и не успел в итоге. Завтра найду, поставлю выравниваться.
Ходили получать электронные пропуска, было странно, примерно так:
instagram.com/p/4RfIO-AqqM/?taken-by=mrayko
Еще по дороге забрал ЭГК с расшифровкой (пара симптомов, но все - варианты нормы), и дочитал "Дивный новый мир" для read_classic_ru. Круче всего, конечно, начало автороского предисловия - мол, всем известно, что если сделал плохо, бесполезно переживать, надо извиниться, исправить по мере возможности и жить дальше. Вот прям про меня. Интересно, что они выберут дальше.
Вечером приходила мама гулять с мелкой, пока Анька была на вождении, а я на танцах. На танго учили первую полноценную связку - salida, довольно крутая штука, под конец даже начала хорошо получаться. Запомнить для себя - все время держать корпус в тонусе, и переносить вес через верх.
Завтра надо написать тёте-психологу и наконец начать нормально писать статью, чтобы хотя бы две бактериальные успели выйти к концу лета. И мой первый грант, да.
Ходили получать электронные пропуска, было странно, примерно так:
instagram.com/p/4RfIO-AqqM/?taken-by=mrayko
Еще по дороге забрал ЭГК с расшифровкой (пара симптомов, но все - варианты нормы), и дочитал "Дивный новый мир" для read_classic_ru. Круче всего, конечно, начало автороского предисловия - мол, всем известно, что если сделал плохо, бесполезно переживать, надо извиниться, исправить по мере возможности и жить дальше. Вот прям про меня. Интересно, что они выберут дальше.
Вечером приходила мама гулять с мелкой, пока Анька была на вождении, а я на танцах. На танго учили первую полноценную связку - salida, довольно крутая штука, под конец даже начала хорошо получаться. Запомнить для себя - все время держать корпус в тонусе, и переносить вес через верх.
Завтра надо написать тёте-психологу и наконец начать нормально писать статью, чтобы хотя бы две бактериальные успели выйти к концу лета. И мой первый грант, да.
вторник, 23 июня 2015
Сегодня отправил предварительный отчет по транскриптому Tussilago. Получается довольно логично, даже при нашем недостатке данных - в трихомах работают гены халкон синтазы и халкон-флавонон изомеразы, которые фигачат флавоноиды. Мы, правда, искали лактоны в первую очередь, но их там нет и по данным масс-спектроскопии, так что, может быть, их там вообще на самом деле нет. В общем, тоже результат, для отчета по гранту пойдет. В листьях по сравнению с трихомами в полный рост оверэкспрессированны хлоропластные гены типа рубиско. Не rocket science, конечно, но пять тысяч новых генов тоже ничего.
Дома всё по-прежнему непонятно. Нужен хороший семейный психолог, пока никто никого не убил.
Дома всё по-прежнему непонятно. Нужен хороший семейный психолог, пока никто никого не убил.
воскресенье, 21 июня 2015
Все началось с того, что с утра сильно поругались с Анькой, Полика очень обиделась, и Лёшка решил от всех от нас взять тайм-аут. В итоге большая часть дня прошла в состоянии легкого охренения. Из остального - съездил в Сады посмотреть на Сашкину дачу, на предмет отправить туда девок на июль (горячей воды нет, туалет во дворе, дача советская типичная одна штука), помог Ю. поискать потерянный в Копенгагене багаж (пока безуспешно, надо поглядывать трекер периодически). В общем, ну его нафиг такоё всё, хоть разводись.
Ну и работа с учебой тоже по нулям, конечно же.
Ну и работа с учебой тоже по нулям, конечно же.
суббота, 20 июня 2015
Сегодня утром закончил карту для прохлоротрикса - слил контиги в один, переаннотировал RASTом, запихнул в CGview. Получилось красивенько:
Добавил инфу по анализу, отправил. Если все срастется, будет статья. Еще пара таких же, и есть шансы на продление постдока еще на год.
Съездил в ИЛИ, послушал доклад Полины про тувинский язык. Довольно круто, может быть прикольная статья и даже диссер, если еще сравнительные штуки приплести, из турецкого и всяких сибирских языков.
Дальше в лабе снова пилил дифэкспрессию для мать-и-мачехи. После очистки от рРНК ушли не все риды, к сожалению, но с этим уже ничего не сделать, по крайней мере пока. По предварительным прикидкам получается интересно, в железистых трихомах по сравнению с листьями активно работает халкон-синтаза и энхансер производства флавоноидов CmEFP. Более точно будет понятно, когда наконец мы получим аннотацию генов. Кстати, интересно может быть попробовать мапить не на мРНК, а на белки - надо почитать, делают ли так. В случае полицистронной транскрипции это может сильно повлиять на результат. Еще в обе стороны вылезает рибосомалка, от которой так и не удалось избавиться - может быть, в случае белков это тоже поможет.
Посоветовался с Андреем насчет панголинов - надо сделать реконструкцию предкового генома в PAML и сравнить, кто из наших двух ребят более продвинут. По идее, по соображениям филогеографии самым прошаренным должен быть малайский, он ушел дальше от центра зарождения, но это ничего не значит, давление среды могло меняться везде. Проверим и посмотрим. Еще надо отдельно посмотреть митохондриалки всех панголинов, в качестве дополнительного свидетельства.
Лёша нашел крутую штуку в геноме белой акулы, но это пока NDA.
Вечером на самокатах докатили до Спортивной, поймали Полинку и успели посмотреть на Ю., которая завтра сваливает до августа. Или до насовсем, как сложится.
Еще получил 10й уровень в Хабите, долго думал, кем быть. Воином тупо, вор в партии уже есть.. Клирик - это наше всё, конечно, но это было давно, и я уже давно не тот человек. Посмотрим, на что похожи местные маги.
Добавил инфу по анализу, отправил. Если все срастется, будет статья. Еще пара таких же, и есть шансы на продление постдока еще на год.
Съездил в ИЛИ, послушал доклад Полины про тувинский язык. Довольно круто, может быть прикольная статья и даже диссер, если еще сравнительные штуки приплести, из турецкого и всяких сибирских языков.
Дальше в лабе снова пилил дифэкспрессию для мать-и-мачехи. После очистки от рРНК ушли не все риды, к сожалению, но с этим уже ничего не сделать, по крайней мере пока. По предварительным прикидкам получается интересно, в железистых трихомах по сравнению с листьями активно работает халкон-синтаза и энхансер производства флавоноидов CmEFP. Более точно будет понятно, когда наконец мы получим аннотацию генов. Кстати, интересно может быть попробовать мапить не на мРНК, а на белки - надо почитать, делают ли так. В случае полицистронной транскрипции это может сильно повлиять на результат. Еще в обе стороны вылезает рибосомалка, от которой так и не удалось избавиться - может быть, в случае белков это тоже поможет.
Посоветовался с Андреем насчет панголинов - надо сделать реконструкцию предкового генома в PAML и сравнить, кто из наших двух ребят более продвинут. По идее, по соображениям филогеографии самым прошаренным должен быть малайский, он ушел дальше от центра зарождения, но это ничего не значит, давление среды могло меняться везде. Проверим и посмотрим. Еще надо отдельно посмотреть митохондриалки всех панголинов, в качестве дополнительного свидетельства.
Лёша нашел крутую штуку в геноме белой акулы, но это пока NDA.
Вечером на самокатах докатили до Спортивной, поймали Полинку и успели посмотреть на Ю., которая завтра сваливает до августа. Или до насовсем, как сложится.
Еще получил 10й уровень в Хабите, долго думал, кем быть. Воином тупо, вор в партии уже есть.. Клирик - это наше всё, конечно, но это было давно, и я уже давно не тот человек. Посмотрим, на что похожи местные маги.
пятница, 19 июня 2015
С утра отволокли с Полинкой мешок вещей со вчерашней шмоткопати в котейнер "Спасибо".
Дальше поехал в универ (в ВШМ) на встречу Уотсона с молодыми, блин, учеными. Динозавр такой серьезный, молодец - как обычно, выдавал свои шовинистические комментарии и уроки жизни. Потом ребята сказали, что был следующий комментарии из Астразенеки:
"oh is it the guy whole stole credit for DNA structure from Rosalind Franklin?"
Потом в лабе усиленно доделывал дифэкспрессию. Получилось найти штук двадцать генов, которые работают по разному в трихомах и листьях, причем первым же выпал CHSY_CALCH (Chalcone synthase), который по идее играет какую-то роль в синтезе метаболитов. Надо спрашивать у Муравник и Шеварды, они должны знать. Плохой новостью оказалось то, что многие из них не определяются в blastp, по результатам blastx оказываются чем-то совсем далёким, а при бласте вручную выясняется, что это короткие куски рРНК, которые отлично мапятся на рРНК подсолнечника, как самого близкого. Т.е. у нас много рРНК в пробах, от которой надо избавляться. То ли потому что я РНКазу не добавлял нормально, то ли праймеры олигоТ сели неспецифично, но факт остается фактом. В итоге замапил все библиотеки на рибосомалку подсолнуха - из первой почти ничего не ушло, из второй ушло 30% данных. На очищенных данных поставил заново собираться rnaSPAdes, может оказаться интереснее. Но в любом случае нужно больше золота.
Параллельно искал, чем можно рисовать карту генома для бактерии. Перепробовал несколько штук, всем нужны хитрые gff и конкатенировать драфтовые геномы в один, родные ncbi-ные не подходят (CGView и т.п.). В итоге нашел онлайновый GView (server.gview.ca), которому достаточно простого gbk, чтобы все нормально отрисовать. Пока работает, утром посмотрим, что получилось.
Еще сегодня ходили обедать с Инной из Сингапура, на которую Лёша работает. Она сейчас в Гонконге, рассказывала, как у них все забавно организовано и как Китай хочет собрать обратно по-хорошему все свои спорные территории, и еще ведет экспансию в Африку. Есть тема вписаться в их статью по геному сибаса, если сделать для них дифэкспрессию микроРНК у самцов и самок и посмотреть отличия. Попробуем завтра обсудить и что-нибудь с этим сделать, благо библиотеки нужные все есть.
Дальше поехал в универ (в ВШМ) на встречу Уотсона с молодыми, блин, учеными. Динозавр такой серьезный, молодец - как обычно, выдавал свои шовинистические комментарии и уроки жизни. Потом ребята сказали, что был следующий комментарии из Астразенеки:
"oh is it the guy whole stole credit for DNA structure from Rosalind Franklin?"
Потом в лабе усиленно доделывал дифэкспрессию. Получилось найти штук двадцать генов, которые работают по разному в трихомах и листьях, причем первым же выпал CHSY_CALCH (Chalcone synthase), который по идее играет какую-то роль в синтезе метаболитов. Надо спрашивать у Муравник и Шеварды, они должны знать. Плохой новостью оказалось то, что многие из них не определяются в blastp, по результатам blastx оказываются чем-то совсем далёким, а при бласте вручную выясняется, что это короткие куски рРНК, которые отлично мапятся на рРНК подсолнечника, как самого близкого. Т.е. у нас много рРНК в пробах, от которой надо избавляться. То ли потому что я РНКазу не добавлял нормально, то ли праймеры олигоТ сели неспецифично, но факт остается фактом. В итоге замапил все библиотеки на рибосомалку подсолнуха - из первой почти ничего не ушло, из второй ушло 30% данных. На очищенных данных поставил заново собираться rnaSPAdes, может оказаться интереснее. Но в любом случае нужно больше золота.
Параллельно искал, чем можно рисовать карту генома для бактерии. Перепробовал несколько штук, всем нужны хитрые gff и конкатенировать драфтовые геномы в один, родные ncbi-ные не подходят (CGView и т.п.). В итоге нашел онлайновый GView (server.gview.ca), которому достаточно простого gbk, чтобы все нормально отрисовать. Пока работает, утром посмотрим, что получилось.
Еще сегодня ходили обедать с Инной из Сингапура, на которую Лёша работает. Она сейчас в Гонконге, рассказывала, как у них все забавно организовано и как Китай хочет собрать обратно по-хорошему все свои спорные территории, и еще ведет экспансию в Африку. Есть тема вписаться в их статью по геному сибаса, если сделать для них дифэкспрессию микроРНК у самцов и самок и посмотреть отличия. Попробуем завтра обсудить и что-нибудь с этим сделать, благо библиотеки нужные все есть.
Сегодня (в среду, пишу ретроспективно) был в ИБ, собеседовали студентов на поток биологов на следующий год. Одна девочка ни о чем, потом два совершенно офигенных мальчика - один врач-микробиолог, другой - второкурсник с кафедры генетики, оба знают дохрена и хоть сейчас в космодесант. И еще пара человек, которые совсем не по адресу. За одного из них обидно - технически все знает и умеет, но совершенно инфантилен и все у него кругом виноваты, хотя возможностей вокруг море. Не наш клиент, увы, это скорее к психологу.
Дальше долго сидел в JetBrains, фигачил транскриптом. Настроил параметры для дифэкспрессии, оказалось, что лучше всего работать с результатами rnaSPAdes, по отдельности собирается хуже.
Посчитал обогащение, задолбался, пошел бродить.
Вечером пришел к завершению шмоткопати, сделал еду и засел в углу доделывать. В итоге получил данные дифэкспрессии с edgeR, теперь надо посмотреть, что куда упало. Но это завтра, а пока я сам падаю спать.
Дальше долго сидел в JetBrains, фигачил транскриптом. Настроил параметры для дифэкспрессии, оказалось, что лучше всего работать с результатами rnaSPAdes, по отдельности собирается хуже.
Посчитал обогащение, задолбался, пошел бродить.
Вечером пришел к завершению шмоткопати, сделал еду и засел в углу доделывать. В итоге получил данные дифэкспрессии с edgeR, теперь надо посмотреть, что куда упало. Но это завтра, а пока я сам падаю спать.