Заканчиваем ремонт. Сегодня, надеюсь, последний день с пустым коридором и кухней, покрытыми свежим цементом. Завтра придет восточный мужчина Серик и, по его словам, наконец-то положит подложку и ламинат, и можно будет жить нормально.
Добежало выравнивание цианобактерии на референс, в этот раз без ошибок - проверил с UniVec на наличие адаптеров, ничего не нашлось. Отправил в NCBI и подтверждение Наташе Величко. Она попросила проаннотировать, засунул новую сборку в RAST. К середине дня добежало, отправил ей.
Пошел подавать на визу. По дороге слушал Exploratory Data Analysis, третий курс из трека Data Science на курсере. С огорчением увидел, что, оказывается, уже идет вторая неделя, а к концу первой нужно было не только пройти тест, но и запостить ответы на первое практическое задание. Так что, видимо, не надо тратить время сейчас, и надо будет пройти его уже на следующий запуск - я все-таки хочу пройти все курсы этого трека на 100%. Так что в этом месяце надо пройти Getting and Cleaning Data и Reproducible research (первый у меня уже почти сделан, надо допилить практику до воскресенья). С визой меня развернули, так что надо думать, что еще можно сделать.
На работе отлично пообедали с Лёшей К. у наших соседей-узбеков. По дороге говорили про корпус русского языка - у Лёши есть вся флибуста, и теперь он развлекается тем, что пишет парсеры для нее. Уже умеет искать ближайшую книгу по спектру к-меров (точнее, униграмм - 1-мер из 1 слова).
Стив собирал staff meeting - он скоро уезжает, вернется только на майские. Велел не стесняться и говорить с ним, когда не знаешь что делать.
Внезапно оказалось, что у нас в лабе Денис Ларкин, проездом из Лондона. Пристали к нему с хромосомными картами для нерпы и панголина, подёргал Лёшу Макунина. Оказалось, что нерпа ближе к кошкам, чем к собакам, и на человека ее хромосомы похожи больше, чем на собачьи. Оказывается, у Canidae было много перестроек, и среди всех Caniformia самый предковый кариотип оказался у каменной куницы (Martes folia, Mustelidae) - похож на общий предковый для Caniformia и Feliformia.
sysbio.oxfordjournals.org/content/54/2/317/F5.m...
Интересно, что в статье про панголина тоже рекомендовали сравнивать его с кошкой и собакой через каменную куницу. Лёша прислал обзор по хромосомному пэйнтингу хищных, надо посмотреть.
Денис посоветовал запустить RACA нерпы на кошку, а как аутгруппу взять человека. Попробую скачать и запустить, там есть версия 2014 года.
Завтра пятница, надо с утра попробовать добраться до скалодрома. Потом на визу (если сегодня узнаю, что делать).
Сегодня дома надо не работать, учиться буду завтра. Пора начинать работать на работе, а дома жить спокойно. Осталось понять, как это делать, чтобы не повеситься.
Завтра надо понять, как распарсить функциональную аннотацию. Данные здесь:
sdobzhanskycenter.ru/storage1/akomissarov/genome...
Попробовать по GO по аналогии с гепардом, но не руками. И домашку от Андрея по филогеномике ещё. И тогда будет хорошо.